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Arbeitsgruppe Algorithmisches Molekulares Design

Software & Server

Website BRICSBRICS beschreibt eine Menge von Fragmenten und ein Regelwerk, wie diese zu neuen Molekülen kombiniert werden können.

Website DOGSITE SCORER

DogSiteScorer erkennt Protein-Bindetaschen und kann zur Druggability-Bewertung genutzt werden.

Website HYDE

HYDE ist eine Methode zur energetischen Bewertung von Wasserstoffbrücken, Dehydrata- tion und hydrophobem Effekt in Protein-Ligand-Komplexen.

Website POSEVIEW

PoseView generiert automatisch zweidimensionale Diagramme von Komplexen mit Schwerpunkt auf dem Interaktionsmuster zwischen Ligand und Protein.

Der PPI-Server klassifiziert eine Protein-Protein-Interaktion in transiente bzw. permanente biologische Komplexe oder Kristallartefakte.

Recore ist ein index-basiertes Softwaresystem zum interaktiven Rescaffolding, d.h. die Ersetzung von Molekülteilen durch geome- trisch passende Fragmente.

Der SMARTSviewer ermöglicht die Visualisierung von SMARTS-Ausdrücken ähnlich zu Molekül- Struckdiagrammen.

Der SMARTSeditor ist ein graphischer Editor für chemische Muster, welche dann in SMARTS-Ausdrücke umgewandelt werden.

FTrees (Feature Trees) ist ein Moleküldeskriptor, der das Scaffold-Hopping und die kombinatorische Suche in Fragmenträumen ermöglicht.

NAOMI ist ein Kommandozeilen-Werkzeug zur konsistenten Konvertierung zwischen ver- breiteten Molekül-Fileformaten (SDF, SMILES, MOL2).

Der Torsion Analyzer ist ein graphisches Softwarewerkzeug zur Analyse von Torsionswinkeln in kleinen Molekülen.

Der ChemBioNavigator dient zur Visualisierung des chemischen und biologischen Raumes einer Menge kleiner Moleküle.

Mona ist ein interaktives Werkzeug zur Analyse und Visualisierung von großen Moleküldatensätzen.

Der SMARTS Datensatz enthält chemische Muster und passende Moleküle für die Evaluierung und den Vergleich von Algorithmen zur Substrukturensuche.

ProToss ist ein Tool zur automatisierten Vorhersage von Wasserstoffatomen in Protein-Ligand-Komplexen.

RAISE ist eine schnelle index-basierte Screening-Maschine, die hocheffizientes Screening von großen Datenmengen ermöglicht.

| Letzte Änderung: 10 Februar 2017
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