Prof. Dr. Matthias Rarey

Zentrum für Bioinformatik
Universität Hamburg
Bundesstraße 43
20146 Hamburg
Germany

R-205

Telefon: +49 (40) 42838 7351

eMail: rarey (at) zbh.uni-hamburg.de




Prof. Dr. Matthias Rarey ist Geschäftsführender Direktor des Zentrums für Bioinformatik der Universität Hamburg und leitet die Abteilung für Algorithmisches Molekulares Design. Sein Hintergrund liegt in der Informatik (Diplom Paderborn, 1992, Dr. rer. nat. Bonn, 1996) mit den Schwerpunkten Bio- und Chemoinformatik. Bis zum Juli 2002 war er Gruppenleiter für Chemoinformatik am Fraunhofer Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen (SCAI, ehemals zugehörig zum Forschungszentrum Informationstechnik GmbH GMD). Prof. Rarey ist Mitgründer der Chemieinformatik-Firma BioSolveIT GmbH mit Sitz in Sankt Augustin. Seine Hauptinteressen bei der Forschung sind die Entwicklung neuer Algorithmen für Problemstellungen im molekularen Design. In den Jahren 1997 und 2000 betrieb Herr Prof. Rarey Forschungen in den Abteilungen für Chemoinformatik von SmithKline Beecham (King of Prussia, Pennsylvania) und Roche Bioscience (Palo Alto, Kalifornien).





Prof. Dr. Matthias Rarey entwickelt seit 1993 innovative Softwarewerkzeuge für das struktur- und ligandbasierte molekulare Design, darunter einige mit hohem internationalen Bekanntheitsgrad wie beispielsweise FlexX, Features Trees, PoseView und HYDE.

Prof. Rareys wissenschaftliche Arbeiten wurden in 2002 mit dem NRW-Wissenschaftspreis des Wissenschaftszentrums NRW und des Industrie-Clubs Düsseldorf, 2005 mit dem Corwin-Hansch-Award der QSAR and Modelling-Society und 2011 mit dem Emerging Technology Award der American Chemical Society in der Computers in Chemistry Divison ausgezeichnet.

 

Sprechzeiten nach Vereinbarung.

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2014, 28. Sep - 01. Okt
German Conference on Bioinformatics, Bielefeld

Archiv

Publikationen

Journalveröffentlichungen

  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Schomburg, K.T.; Rarey, M. (2014). Benchmark Data Sets for Structure-Based Computational Target Prediction. Journal of Chemical Information and Modeling, 54(8):2261-2274.
  2. Digital Object Identifier (DOI)
    Inhester, T., Rarey, M. (2014). Protein-Ligand Interaction Databases: Advanced Tools to Mine Activity Data and Interactions on a Structural Level. WIREs Computational Molecular Science:accepted.
  3. Digital Object Identifier (DOI)
    Henzler, A.M., Urbaczek, S., Hilbig, M., Rarey, M. (2014). An integrated approach to knowledge-driven structure-based virtual screening. Journal of Computer-Aided Molecular Design:accepted.
  4. Digital Object Identifier (DOI)
    Schomburg, K.T.; Bietz, S.; Briem, H.; Henzler, A.M.; Urbaczek, S.; Rarey, M. (2014). Facing the Challenges of Structure-Based Target Prediction by Inverse Virtual Screening. Journal of Chemical Information and Modeling, 54(6):1676-1686.
  5. Digital Object Identifier (DOI)
    Bietz, S.; Urbaczek, S.; Schulz, B.; Rarey, M. (2014). Protoss: a holistic approach to predict tautomers and protonation states in protein-ligand complexes. Journal of Cheminformatics, 6(12):1-12.

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Software

BRICS

BRICS ist ein chemischer Fragmentraum. Ausgehend von wirkstoffähnlichen Molekülen und synthetisch motivierten Schnittregeln beschreibt BRICS eine Menge von Fragmenten und ein Regelwerk, wie diese zu neuen Molekülen kombiniert werden können. Aufgrund der sorgfältigen Auswahl von Molekülen und Schnittregeln sind Kombinationsmoleküle aus dem BRICS-Raum in den meisten Fällen synthetisch zugänglich und wirkstoff-ähnlich. Der BRICS-Raum kann direkt mit FtreesFS und FlexNovo durchsucht werden.

http://www.zbh.uni-hamburg.de/BRICS
Publikationen
  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Degen, J., Wegscheid-Gerlach, C., Zaliani, A., Rarey, M. (2008). On the Art of Compiling and Using `Drug-Like` Chemical Fragment Spaces. ChemMedChem, 3:1503-1507.
ChemBioNavigator

Der ChemBioNavigator dient zur Visualisierung des chemischen und biologischen Raumes eines Sets von kleinen Molekülen; dabei liegt der Focus auf den physicochemischen Eigenschaften. Die unterschiedlichen physicochemischen Eigenschaften des Sets können gegeneinander aufgetragen werden, und es werden Informationen zu einzelnen Datenpunkte über Links, die zu den originalen Datenquellen führen, zur Verfügung gestellt. Desweiteren kann nach strukturell ähnlichen Molekülen per Substruktursuche oder Ähnlichkeitssuche gesucht werden.

 

www.chembionavigator.org

Publikationen
  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Stierand, K., Harder, T., Marek, T., Hilbig, M., Lemmen, C., Rarey, M. (2012). The internet as scientific knowledge base: Navigating the chem-bio space. Molecular Informatics:543-546.
DoGSiteScorer

DogSiteScorer is an automated pocket detection and analysis tool which can be used for protein assessment. Predictions with DoGSiteScorer are based on calculated size, shape and chemical features of automatically predicted pockets, incorporated into a support vector machine for druggability estimation.

http://dogsite.zbh.uni-hamburg.de
Publikationen
  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Volkamer, A., Griewel, A., Grombacher, T., Rarey, M. (2010). Analyzing the Topology of Active Sites: On the Prediction of Pockets and Sub-pockets. Journal of Chemical Information and Modeling, 50(11):2041-2052.
  2. Digital Object Identifier (DOI)
    Volkamer, A., Kuhn, D., Grombacher, T., Rippmann, F., Rarey, M. (2012). Combining Global and Local Measures for Structure-Based Druggability Predictions. Journal of Chemical Information and Modeling, 52(2):360-372.
  3. Digital Object Identifier (DOI)
    Volkamer, A., Kuhn, D., Rippmann, F., Rarey, M. (2012). DoGSiteScorer: A web-server for automatic binding site prediction, analysis, and druggability assessment. Bioinformatics, 28(15):2074–2075.
FTrees und FTrees-FS

FTrees (Feature Trees) ist ein Moleküldeskriptor basierend auf der Idee reduzierter Graphen. Dabei wird ein Molekül durch die kovalente Struktur seiner wesentlichen Baugruppen repräsentiert. Der Vergleich von Molekülen auf der Basis von FTrees ermöglicht das Scaffold-Hopping, da die chemische Struktur der Baugruppen selbst von untergeordneter Bedeutung sind.

FTrees können zur kombinatorischen Suche in Fragmenträumen eingesetzt werden (FTrees-FS). Die dazu notwendige doppelt-dynamische Programmierung ist die heute einzige verfügbare, deterministische und präzise Methode zur Suche nach ähnlichen Molekülen in Fragmenträumen. FTrees und FTrees-FS werden von der BioSolveIT GmbH lizensiert.

Ebenfalls basierend auf FTrees wurde die Software LoFT für das Design fokussierter chemischer Bibliotheken auf der Basis von Fragmenträumen entwickelt.

http://www.biosolveit.de/FTrees-FS/
Publikationen
  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Rarey, M., Dixon, J.S. (1998). Feature Trees: A new molecular similarity measure based on tree matching. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 12:471-490.
  2. Digital Object Identifier (DOI)
    Rarey, M., Stahl, M. (2001). Similarity Searching in Large Combinatorial Chemistry Spaces. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 15:497-520.
  3. Digital Object Identifier (DOI)
    Fischer, J. R., Rarey, M. (2007). SwiFT: an index structure for reduced graph descriptors in virtual screening and clustering. Journal of Chemical Information and Modeling, 47(4):1341-53.
  4. Digital Object Identifier (DOI)
    Fischer, J.R., Lessel, U., Rarey, M. (2010). LoFT: Similarity-Driven Multi-Objective Focused Library Design. Journal of Chemical Information and Modeling, 50(1):1-21.
  5. Digital Object Identifier (DOI)
    Fischer, J. R., Lessel, U., Rarey, M. (2011). Improving Similarity-Driven Library Design: Customized Matching an Regio-Selective Feature Trees. Journal of Chemical Information and Modeling, 51(9):2156–2163.
HYDE

HYDE ist eine neue Methode zur energetischen Bewertung von Protein-Ligand-Komplexen. Die Hyde-Funktion wurde anhand von gemessenen Oktanol-Wasser-Verteilungskoeffizienten (logP-Werte) parametrisiert und bewertet in konsistener Weise Wasserstoffbrücken, Dehydratation und den hydrophoben Effekt. Die patentierte Hyde-Technologie wurde gemeinsam mit Bayer CropScience und der BioSolveIT GmbH entwickelt. Hyde ist Teil der LeadIT-Software (BioSolveIT GmbH).

http://www.biosolveit.de/Hyde/
Publikationen
  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Reulecke, I., Lange, G., Albrecht, J., Klein, R., Rarey, M. (2008). Towards an integrated description of hydrogen bonding and dehydration: II. Reducing false positives in virtual screening using the HYDE scoring function. ChemMedChem, 3(6):885-897.
  2. Digital Object Identifier (DOI)
    Schneider, N., Hindle, S., Lange, G., Klein, R., Albrecht, J., Briem, H., Beyer, K., Claußen, H., Gastreich, M., Lemmen, C., Rarey, M. (2011). Substantial improvements in large-scale redocking and screening using the novel HYDE scoring function. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 26(6):701-723.
  3. Digital Object Identifier (DOI)
    Schneider, N., Klein, R., Lange, G., Rarey, M. (2012). Nearly no Scoring Function without a Hansch-Analysis. Molecular Informatics, 31(6-7):503–507.
Mona

Mona is an interactive tool that can be used to prepare and visualize large small-molecule datasets. A set centric workflow allows to intuitively handle hundred thousands of molecules. Building upon the robust framework Naomi common cheminformatics tasks such as analysis, filtering and converting of  molecular files can be performed with high efficiency.

www.zbh.uni-hamburg.de/Mona

Publikationen
  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Hilbig, M.; Urbaczek, S.; Groth, I.; Heuser, S.; Rarey, M. (2013). MONA - Interactive manipulation of molecule collections. Journal of Cheminformatics, 5 (38).
NAOMI

NAOMI ist ein Kommandozeilen-Werkzeug zur konsistenten Konvertierung zwischen verbreiteten Molekül-Fileformaten (SDF, SMILES, MOL2). NAOMI basiert auf einem robusten, chemischen Modell, welches mit dem Ziel entwickelt wurde, organische Moleküle korrekt zu beschreiben. NAOMI prüft zudem die chemische Validität von Molekülen und berechnet Wasserstoffkoordinaten.

http://www.zbh.uni-hamburg.de/NAOMI
Publikationen
  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Urbaczek, S., Kolodzik, A., Fischer, J. R., Lippert, T., Heuser, S., Schulz-Gasch, T., Rarey, M. (2011). NAOMI: On the Almost Trivial Task of Reading Molecules from Different File formats. Journal of Chemical Information and Modeling, 51(12):3199-3207.
PoseView

PoseView generiert automatisch zweidimensionale Diagramme von Komplexen mit Schwerpunkt auf dem Interaktionsmuster zwischen Ligand und Protein. Interaktionen zwischen Molekülen werden durch ein eingebautes Interaktionsmodell geschätzt, welches auf Atomtypen und einfachen geometrischen Kriterien basiert. Die Qualität der resultierenden Diagramme ist vergleichbar mit handgezeichneten Beispielen aus Lehrbüchern und wissenschaftlichen Veröffentlichungen.

PoseView @ PDB

http://www.poseview.de
Publikationen
  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Stierand, K., Maaß, P. C., Rarey, M. (2006). Molecular Complexes at a Glance: Automated Generation of two-dimensional Complex Diagrams. Bioinformatics, 22(14):1710-1716.
  2. Digital Object Identifier (DOI)
    Stierand, K., Rarey, M. (2007). From Modeling to Medicinal Chemistry: Automatic generation of two-dimensional complex diagrams. ChemMedChem, 2(6):853-860.
  3. Digital Object Identifier (DOI)
    Stierand, K., Rarey, M. (2010). Drawing the PDB - Protein-Ligand Complexes in two Dimensions. Medicinal Chemistry Letters, 1(9):540-545.
PPI-Server

Der PPI-Server klassifiziert eine Protein-Protein-Interaktion mit Hilfe eines maschinellen Lernverfahrens in biologische Komplexe (transient oder permanent) oder Kristallartefakte. Hierzu werden zwei Deskriptoren verwendet, der hydrophobe Effekt, der mittels HYDE berechnet wird, und einem Faktor, der die Symmetrie des Protein-Protein-Interfaces wiedergibt.

http://ppi.zbh.uni-hamburg.de/
Recore

Recore ist ein index-basiertes Softwaresystem zum Rescaffolding. Ausgehend von einem bioaktiven Molekül können interaktiv Teile des Moleküls markiert und durch geometrisch passende Fragmente ersetzt werden. Recore erlaubt die Berücksichtigung pharmakophorer Randbedingungen. Durch Anbindung an die Cambridge Cristallographic Database (CSD) werden niederenergetische Konformationen erzeugt. Die Indizierung erlaubt ein nahezu interaktives Arbeiten. Recore ist Teil der LeadIT-Software (BioSolveIT GmbH).

http://www.biosolveit.de/ReCore/
Publikationen
  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Maaß, P., Schulz-Gasch, T., Stahl, M., Rarey, M. (2007). Recore: A fast and Versatile Method for Scaffold Hopping Based on Small Molecule Crystal Structure Conformations. Journal of Chemical Information and Modeling, 47(2):390-399.
SMARTSviewer

Visualization of SMARTS pattern

The SMARTSviewer provides a visualization for SMARTS strings. The depiction is based on structure diagrams as known from standard molecule visualization. Complex SMARTS pattern are splitted in more simple parts by extracting the recursive parts in separate structure diagrams. A legend explains the new graphic symbols as well as the meaning of the SMARTS in words.
http://smartsview.zbh.uni-hamburg.de/
Publikationen
  1. Digital Object Identifier (DOI)
    Schomburg, K., Ehrlich, H.-C., Stierand, K., Rarey, M. (2010). From Structure Diagrams to Visual Chemical Patterns. Journal of Chemical Information and Modeling, 50(9):1529-1535.

Konferenzen

2014

2014, 28. Sep - 01. Okt
German Conference on Bioinformatics, Bielefeld
2014, 10. Aug - 14. Aug
248th ACS National Meeting & Exposition, San Francisco, California, USA
10.08.2014, 16:15Talk: Water in Proteins - A Statistical Evaluation Based on Electron Density
2014, 23. Jun - 27. Jun
Strasbourg Summer School, Strasbourg/France
25.06.2014, 11:20Talk: Protein Structures: Closing the Gap from PDB to Modeling Input
Weitere Teilnehmer:Kai Sommer
2014, 01. Jun - 05. Jun
ICCS/GCC, Noordwijkerhout/Netherlands
Weitere Teilnehmer:Stefan Bietz, Matthias Hilbig, Eva Nittinger
2014, 02. Apr - 31. Mai
Chemie für Alle, Fachbereich Chemie, Hörsaal B
30.04.2014, 17:00Talk: Computergestütztes Modelling: Molekülkomplexe - Nicht Live, aber in Farbe
2014, 16. Mär - 20. Mär
247th ACS National Meeting & Exposition, Dallas, Texas, USA
18.03.2014, 15:20Talk: Modeling with experimental data at your fingertips
16.03.2014, 14:00Talk: Prediction of Tautomers and Protonation States in Protein-Ligand Binding Sites
16.03.2014, 11:15Talk: Using a water interaction model for developing protein-ligand scoring functions
16.03.2014, 09:00Talk: SMARTSeditor: A graphical approach to the creation of chemical patterns
Weitere Teilnehmer:Katrin Stierand
2014, 10. Mär - 11. Mär
Frühjahrstagung der Biotechnologen 2014, Frankfurt
11.03.2014, 09:35Talk: Von Proteinstrukturen zu bioaktiven Verbindungen: Aktuelle Themen und Herausforderungen im computergestützten Modelling

2013

2013, 15. Sep - 20. Sep
Vienna Summer School 2013, Wien, Österreich
18.09.2013, 09:45Talk: What you ever wanted to know about Cheminformatics
Weitere Teilnehmer:Eva Nittinger
2013, 10. Sep - 13. Sep
German Conference on Bioinformatics 2013, Göttingen
Weitere Teilnehmer:Andrea Volkamer
2013, 22. Jul - 24. Jul
Sheffield Conference on Chemoinformatics, Sheffield, UK
22.07.2013, 18:30Poster: Chemical Patterns: A Visual Approach to Interpretation and Design
Weitere Teilnehmer:Stefan Bietz, Florian Lauck, Christin Schärfer
2013, 10. Jun - 11. Jun
BIOKATALYSE2021-Clusterkonferenz, Hamburg
10.06.2013, 14:45Talk: Bioinformatik - Alltäglich und für Jeden
Weitere Teilnehmer:Agnes Meyder, Eva Nittinger, Nadine Schneider, Andrea Volkamer
2013, 09. Apr - 02. Jul
Vortragsreihe Mathematische Modellierung, Geomatikum, H5
23.04.2013, 18:00Talk: Das ist kein Molekül, das ist ein Graph! Mit der Informatiker-Brille auf die Chemie geschaut.
2013, 08. Apr - 11. Apr
CCG UG & Conference 2013, Amsterdam
09.04.2013, 11:15Talk: Scoring Molecular Complexes: From Virtual Screening to Interactive Molecular Design
2013, 02. Apr - 18. Jun
Was wie wofür studieren?, Hamburg
04.06.2013, 18:15Talk: An der Schnittstelle: Informatik trifft Naturwissenschaften
2013, 24. Mär - 28. Mär
MNU Bundeskongress Hamburg, Hamburg
27.03.2013, 12:15Talk: Chemieinformatik in der Praxis oder "Wie googelt man eigentlich ein Molekül?"

2012

2012, 16. Nov
Geburtstagskolloquium von Thomas Lengauer
Talk: Cheminformatics -- Computer Science for the Chemical Bench
2012, 11. Nov - 14. Nov
8th German Conference on Chemoinformatics, Goslar
Talk: Let´s talk about Rings
Weitere Teilnehmer:Lennart Heinzerling, Christin Schärfer
2012, 26. Aug - 30. Aug
19th EuroQSAR Knowledge Enabled Ligand Design, Vienna, Austria
Weitere Teilnehmer:Angela Henzler, Katrin Stierand

2011

2011, 05. Dez - 06. Dez
7th Status Seminar Chemical Biology, Frankfurt am Main
Weitere Teilnehmer:Karen Schomburg, Andrea Volkamer
2011, 19. Sep - 22. Sep
MipTec 2011, Basel, CH
Talk: Getting the Most out of Structures: From Visual Scoring Functions to Activity Cliffs
2011, 28. Aug - 01. Sep
242nd ACS National Meeting, Denver, USA
Talk: Driving Structure-based Virtual Screening towards Interactivity
Talk: Pragmatic Approaches to Structure-based Drug Design
Talk: Visual Chemical Patterns: SMART(S) to Look at
Weitere Teilnehmer:Adrian Kolodzik

2010

2010, 29. Aug - 03. Sep
Gordon Research Conference 2010, Les Diablerets, Switzerland
Talk: Structure-based Molecular Design: Pragmatic Approaches to Docking, Scoring and the Analysis of Complexes
2010, 23. Jun - 25. Jun
CHI - Structure-Based Drug Design, Boston,USA
Talk: Dock-Score-Analyze: Novel Approaches to Structure-based Virtual Screening
Weitere Teilnehmer:Angela Henzler, Katrin Stierand, Andrea Volkamer
2010, 21. Mär - 25. Mär
239th ACS National Meeting, San Francisco, USA
Talk: Computational Methods for 2D Visualization of Molecular Interaction Patterns
Talk: Conformational Sampling for Large- Scale Virtual Screening
Talk: Future Trends: In silico Lead Disvovery
Weitere Teilnehmer:Tobias Lippert

2009

2009, 15. Aug - 26. Aug
238th ACS National Meeting, Washington, USA
Talk: A fresh Look at 3D Database Searching
Talk: Fragement-bades Design: The Experimental Approach
Weitere Teilnehmer:Katrin Stierand
2009, 28. Feb
Dahlem Symposium, Berlin
Talk: From Screening to Searching: Index-driven Approaches to Structural Lead Optimization

2008

2008, 14. Okt - 16. Okt
MipTec 2008, Basel, CH
Talk: From Fragments to Fragment Spaces: A Systematic View on Chemical Space
2008, 07. Okt - 09. Okt
European Bioperspectives 2008, Hannover
Talk: Index Driven Structure-Based Virtual Screening
2008, 12. Mär
Boston Area Group for Informatics and Modeling (BAGIM) 2008, Boston,USA
Talk: To Link or not to Link, That is the Question! Computational Tools for Fragment-Based Lead Discovery and Optimization

2007

2007, 21. Jul - 25. Jul
15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Wien, AUT
Talk: Introduction to Chem(o)informatics
2007, 07. Mai - 10. Mai
MipTec 2007, Basel, CH
Talk: Think Combinatorial: Fragement-based Approaches to Structure-based Design

2006

2006, 12. Nov - 14. Nov
2nd German Conference on Chemoinformatics, Goslar
Talk: About Screening and Searching: Novel Computational Approaches to Structure-Based Design
Weitere Teilnehmer:Patrick Maaß, Birte Seebeck
2006, 10. Sep - 17. Sep
EURO QSAR 2006, Civitavecchia, IT
Talk: Structure-Based Molecular Indexing: Virtual Screening beyond Molecular Docking
Weitere Teilnehmer:Ingo Reulecke, Katrin Stierand

2005

2005, 30. Mär
FBDD Wiesbaden 2005, Wiesbaden
Talk: Useful Tools and Algorythms for Fragement-Based Drug Discovery
2005, 21. Mär - 24. Mär
FBDD Rauischholzhausen 2005, Rauischholzhausen
Talk: Useful Tools and Algorythms for Fragement-Based Drug Discovery

2002

2002, 23. Mai - 02. Jun
From Genes to Drugs via Crystallography 2002, Erice, IT
Talk: FlexX – Methods, Usage, Applications

Biografie

Wissenschaftliche Ausbildung

1988 - 1992 Studium der Informatik an der Universität-Gesamthochschule Paderborn mit Abschluß Diplom-Informatiker
1996 Erlangung des akademischen Grades Dr. rer. nat. an der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn
2001 Erteilung der Lehrbefähigung (Habilitation) für das Fach Informatik durch die Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn
2002 Venia Legendi für das Fach Informatik an der Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn

Wissenschaftliche Auszeichnungen

1996 Auszeichnung der Dissertation "Rechnergestützte Vorhersage von Protein-Ligand-Wechselwirkungen" mit dem GMD-Award 1996 (Beste Dissertation an der GMD 1996)
2000 Auszeichnung der Forschungsaktivitäten im Bereich Wirkstoffdesign mit dem GMD-Award 2000 (Bestes Projekt an der GMD 2000)
2002 Auszeichnung der Habilitationsschrift "Algorithmen für den Computergestützten Wirkstoffentwurf" mit dem NRW Wissenschaftspreis 2002 des Wissenschaftszentrums NRW und des Industrie-Clubs Düsseldorf
2005

Corwin Hansch Award der QSAR and Modelling Society

   
2011 Emerging Technologies Award der American Chemical Society in der Computers in Chemistry Divison     

Berufliche Qualifikation

1989 Praktikum bei der Firma Krupp-Polysius, Abteilung Automatisierungstechnik, in Beckum
1990 Werkstudent bei der Siemens-Nixdorf AG in München
1993 - 2002 wissenschaftlicher Angestellter bei der GMD - Forschungszentrum Informationstechnik GmbH im Institut für Algorithmen und wissenschaftliches Rechnen (SCAI)
1997 sechsmonatiger Forschungsaufenthalt bei SmithKline Beecham Pharmaceuticals, King of Prussia (PA), USA, Abteilung Physical and Structural Chemistry, Cheminformatics
1998 - 2001 Gruppenleiter des Forschungsbereichs CADD (Computer-Aided Drug Design) an der GMD, Institut SCAI
seit 1998 Mitglied des Scientific Advisory Boards der 4SC Drug Discovery AG, Martinsried
2000 dreimonatiger Forschungsaufenthalt bei Roche Bioscience, Palo Alto (CA), USA, Abteilung IDU (Inflamatory Disease Unit), Cheminformatics
2001 Mitgründer der Firma BioSolveIT GmbH mit Sitz in Sankt Augustin.
2001 - 2002 Gruppenleiter CADD im Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen (FhI-SCAI)
seit 07/2002 Universitäts-Professor am Zentrum für Bioinformatik der Universität Hamburg
seit 12/2002 Geschäftsführender Direktor des Zentrums für Bioinformatik der Universität Hamburg
   

Akademische Gremien

- seit 2005 Mitglied des Fakultätsrats der MIN-Fakultät der Universität Hamburg
- seit 2011 Mitglied des Promotionsausschuss des Fachbereichs Informatik, zurzeit stellvertr. Vorsitzender
- seit 2006 Mitglied des Prüfungsausschusses vom M.Sc.-Studiengang Bioinformatik
- seit 2009 Studiengangsverantwortlicher und Vorsitzender des Prüfungsausschusses B.Sc. Computing in Science

Editorische Tätigkeiten

- seit 2010 Mitglied des wissenschaftlichen Beirats der Zeitschrift WIREs - Computational Molecular Design, Wiley-Blackwell
- seit 2011 Mitglied des wissenschaftlichen Beirats der Zeitschrift Journal of Chemical Information and Modeling
- seit 2011 Redaktionsmitglied der Zeitschrift Journal of Molecular Graphics and Modelling
- seit 2014 Associate Editor der Zeitschrift Journal of Chemical Information and Modeling

Programmkommittees und Konferenzen

Mitglied des Programmkommittees einiger nationaler und internationaler Konferenzen auf dem Gebiet der Bio- und Chemieinformatik

2004; 2005; 2008; 2010; 2011; 2013; 2014

German Conference on Bioinformatics (GCB)
2005-2014 International Conference on Chemical Structures (ICCS)
2005-2013 German Conference on Chemoinformatics (GCC)
2006 International Symposium on Computational Life Science (CompLife)
2012

Scientific Advisory Board EuroQSAR

Weitere Aktivitäten

2005- Mitglied des "Arbeitsausschusses Bioinformatik" der DECHEMA Gesellschaft für Chemische Technik und Biotechnologie e.V.
2006-2011 Vorstandsmitglied der Fachsektion "Chemische Biologie" der DECHEMA e.V.
2011- Vertrauensdozent der Studienstiftung des deutschen Volkes
2013- Vorsitzender des Beirats der Fachgruppe Bioinformatik der DECHEMA e.V.
   
   

Patente

- "Method for the determination of intra- and intermolecular interactions in aqeous solution"

  • Nr. EP 2 084 520 B1
  • US-Patent-Nr: US 2012/0202699A1
  • Erfinder: Gudrun Lange, Robert Klein, Jürgen Albrecht, Matthias Rarey, Ingo Reulecke
  • Jahr: 2010

- "Database-Driven Structure-Based Virtual Screening (TrixX)"

  • Erfinder: Ingo Schellhammer, Matthias Rarey, Christian Lemmen
  • in preparation