Dr. Robert Schmidt

Forschungsprojekt

Neue Anwendungsszenarien für Algorithmen des "Maximale Gemeinsame Teilstruktur"-Problems (MCS)

MCS-Algorithmen werden in der Chemieinformatik immer wieder benutzt um Moleküle zu vergleichen oder auszurichten. In weiteren Anwendungsszenarien können MCS-Algorithmen unter Anderem auf Sprachen für molekulare Muster angewendet werden. Für die SMARTS-Sprache wurde ein Tool entwickelt, dass Ähnlichkeit oder Teilmengenrelation von SMARTS Mustern bestimmen kann. Die Tools ermöglichen neuartige Einblicke und Analysemöglichkeiten für Sammlungen von SMARTS Mustern.

Ein weiteres neues Anwendungsgebiet ist die MCS-Ähnlichkeitssuche in kombinatorischen Fragmenträumen mit Milliarden von Molekülen. Dort stellt die MCS-Suche eine neue Methodik dar, nach ähnlichen Molekülen zu suchen. Der Bedarf an solchen Methoden wächst stetig, seitdem immer mehr Substanzen in sogenannten "On-Demand"-Substanzbibliotheken zur Verfügung stehen.