High-quality dataset of protein-bound ligand conformations and its application to benchmarking conformer ensemble generators
16. Februar 2017
In dieser Veröffentlichung aus den Arbeitskreisen Kirchmair und Rarey wird ein neues Verfahren zur vollautomatischen Extraktion hoch-qualitativer Strukturdaten von proteingebundenen Liganden aus der Protein Datenbank (PDB) vorgestellt. Bisher konnten solche Daten nur durch mühsame und zeitintensive manuelle Arbeit extrahiert werden. Dieses Verfahren erlaubt nun erstmals die Erstellung großer, hoch-qualitativer Datensätze, und somit zum Beispiel eine detaillierte, statistische Analyse der Performanz von Konformerensemblegeneratoren. Im Rahmen dieser Veröffentlichung wurden die Genauigkeit und Effizienz von sieben frei verfügbaren Konformerensemblegeneratoren bestimmt.
Die Veröffentlichung ist in der Zeitrschrift "Journal of Chemical Information and Modeling" erschienen: