PoseView
Das Software-Werkzeug PoseView [1] erzeugt automatisch zweidimensionale Diagramme von Komplexen mit bekannter dreidimensionaler Struktur unter Berücksichtigung chemischer Strukturdiagramm-Konventionen. In einem Komplexdiagramm werden Wasserstoffbrückenbindungen als gestrichelte Linien dargestellt und sowohl die interagierenden Aminosäuren des Rezeptors als auch der Ligand als Strukturdiagramme repräsentiert. Hydrophobe Kontakte zwischen Ligand und Protein werden mit Hilfe von Spline-Segmenten, die die hydrophoben Bereiche des Liganden markieren, und den entsprechenden Aminosäurebezeichnern aus der PDB-Datenbank dargestellt. Die Koordinaten der Strukturdiagramme und deren Layout-Modifikationen werden von der Software-Bibliothek SDGLib [2] generiert, während die Auswahl der abzubildenden Aminosäuren aufgrund von Wechselwirkungsberechnungen durch die FlexX-Bibliothek [3] erfolgt.
Complex of Estrogen Receptor Alpha and Diethylstilbesterol. PDB code: 3erd.
PoseView Interface
Features
- Das fertig berechnete Komplexdiagramm kann entweder in einem Browser oder als Bild in unterschiedlichen Formaten (PNG, PDF, XFIG) ausgegeben werden.
- Die Aminosäuren mit Wasserstoffbrückenbindungen zum Liganden werden entweder als Strukturdiagramme des kompletten Moleküls oder des wechselwirkenden Anteils dargestellt.
- Für die Wasserstoffbrückenbindungen können die Energien oder Längen ausgegeben werden.
- Aminosäuren mit hydrophoben Kontakten könne ausgeblendet werden.
Referenzen
[1] Stierand, K., Maaß, P., Rarey, M. (2006) Molecular Complexes at a Glance: Automated Generation of two-dimensional Complex Diagrams. Bioinformatics, 22, 1710-1716.
[2] Fricker, P., Gastreich, M., and Rarey, M. (2004) Automated Generation of Structural Molecular Formulas under Constraints. Journal of Chemical Information and Computer Sciences, 44, 1065-1078.
[3] Rarey, M., Kramer, B., Lengauer, T. and Klebe, G. (1996) A fast flexible docking method using an incremental construction algorithm, Journal of Molecular Biology, 261, 470-489.
Stierand, K., Rarey, M. (2007). From Modeling to Medicinal Chemistry: Automatic Generation of Two-Dimensional Complex Diagrams. ChemMedChem 2,6, 853-860