Studentenprojekte und Abschlussarbeiten

Wir betreuen Studienprojekte und Abschlussarbeiten primär in den Studiengängen B.Sc. Computing in Science und M.Sc. Bioinformatik. Abschlussarbeiten können auch für die Studiengänge B.Sc. Informatik, B.Sc. Molecular Life Science und M.Sc. Informatik in der Arbeitsgruppe durchgeführt werden. Die Themen von Abschlussarbeiten werden individuell in einem Gespräch mit dem Studierenden festgelegt, das Spektrum deckt sich mit den Forschungsschwerpunkten der Gruppe. Bei der Vergabe von Themen legen wir Wert auf Aktualität und ein ausgewogenes Verhältnis zwischen Praxisrelevanz und informatischer Herausforderung. Die Bewertungskriterien und das Notenschema finden Sie hier (pdf).

Abgeschlossene Arbeiten: 

Autor	Titel	Abgabedatum	Abschluss
Kammer, Paula	Validation Strategies for Structure-Based Target Identification	06/2024	Master
Lach, Larissa	Algorithmen zur Visualisierung von Graphen für die Repräsentation von Beziehungen zwischen chemischen Mustern	07/2023	Bachelor
Ehlers, Katja	Web-based Analysis of Relationships between Large-Scale Chemical Pattern Collections	07/2023	Bachelor
Harm Jannik	Analyse und Optimierung von Anfragen an geometrische Protein-Ligand-Datenbanken	05/2023	Master
David, Sebastian	Vergleich generischer chemischer Reaktionsmuster am Beispiel von Reaction SMARTS	03/2023	Bachelor
Kuhrt, Tim	Genetic Algorithms for Navigation in Chemical Fragment Spaces Considering Molecular Conformations	02/2023	Master
Schokolowski, Malte	Weighted Fingerprint Search in Topological Fragment Spaces	02/2023	Bachelor
Gruber-Roet, Yannick	Computational Analysis on the Applicability of AlphaFold 2 Models for Structure-Based Drug Design	01/2023	Master
Lübbers, Justin	Analysis of Combinatorial Fragment Spaces in terms of Rotatable Bonds, Molecular Polar Surface Area and Structural Fingerprint Features	12/2022	Master
Harren, Tobias	Assessment of Deep Neural Architectures for the Generation of Molecules with Specific Biological Profiles	10/2022	Master
Noack, Christoph	Rule-based Variation of Molecules for Assessing the Completeness of Fragment Spaces	07/2022	Bachelor
Schulze, Thorben	Algorithmic Approaches for Hit Identification in Crystallographic Screening Experiments	05/2022	Master
Fender, Inken	Methods to Search for Ligand-Specific Binding Sites Based on Geometric Patterns	01/2022	Master
Korn, Malte	Machine Learning for the Extension of Chemical Spaces under Consideration of Synthetic Accessibility	12/2021	Master
Ollenburg, Finn	Performanzanalyse von Konformergeneratoren zur Makrozyklengenerierung am Beispiel der Software Conformator	12/2021	Bachelor
Wiedemann, Viktor	Berechnung von Moleküldurchmessern für die Vorhersage von Soaking-Experimenten	09/2021	Bachelor
Fulla, Omar	Benchmark-Datens ¨atze f ¨ur das Drug-Repurposing mit inversem strukturbasiertem Screening	08/2021	Master
Krause, Bennet	Interaktive webbasierte Generierung von Protein-Ligand-Komplex-Diagrammen	02/2021	Master
Poburski, Thorben	Development of a database-based approach to search for similar protein binding sites	01/2021	Master
Albrecht, Sarah	Ein Algorithmus zur Enumeration aller eindeutigen chemischen Strukturformeln zu einer gegebenen Bruttoformel	12/2020	Bachelor
Höng, Sophia M.N.	Convex Optimization of Matched Molecular Series Networks and its Application to Machine Learning	10/2020	Master
Heinzke, Anna Lina	Combinatorial Decomposition of Molecule Sets and Calculation of Minimal Fragment Spaces	09/2020	Master
Harren, Tobias	Interpretation von Neuronalen Netzen zur Bioaktivitätsvorhersage	08/2020	Bachelor
Berg, Ole	A Subgraph-based Index for Searching Molecular Patterns in Large Chemical Databases	07/2020	Master
Langenfeld, Maximilian	Reduction of information loss in chemical fingerprint folding and its implications on machine learning	06/2020	Master
Wollgramm, David	Computational Methods for Pharmacophore Elucidation	03/2020	Master
Weihs, Lennart	Interactive Molecular Structure Visualization for Web Applications	01/2020	Master
Hahn, Mirco	Adaptive Bewertungsfunktionen für die flexible Überlagerung von Molekülen	01/2020	Master
Behn, Julian	Ein datenbasierter Ansatz zur strukturellen Analyse thermostabiler Proteine	12/2019	Master
Pletzer-Zelgert, Jonathan	Computational Analysis of Crystal Soaking Processes	12/2019	Master
Größler, Michael	Matching local 3D shape features for fast protein binding site comparison	11/2019	Master
Cavasin Anna Theresa	Machine learning based reaction prediction for fragment space design and search	11/2019	Master
Stohn, Tim	Kombination von experimentellen, alternativen Atomkoordinaten zur Generierung konsistenter Proteinstrukturen	06/2019	Master
Cindy Ching	Optimization of Machine-Learing Based Methods for Druggability Estimation of Proteins	02/2019	Master
Bennet Krause	Webbasierte Suche nach ähnlichen chemischen Mustern am Beispiel SMARTS	02/2019	Bachelor
Chris Claudius Sandmeier	In Silico Studies on the Structural Stability of Proteins from Piezophiles	01/2019	Master
Christian Meyenburg	Navigating Chemical Fragment Spaces via Genetic Operators	01/2019	Master
Konrad Diedrich	Geometrische Suche in Protein-Ligand-Komplex-Datenbanken - Ein webbasierter Ansatz	12/2018	Master
Joel Graef	Neuartige Bewertungsschemata für die strukturelle Überlagerung von Molekülen	12/2018	Master
Carolin Kramer	Kombinatorische Ähnlichkeitssuche in Fragmenträumen unter Optimierung der Synthetisierbarkeit	12/2018	Master
Uschi Dolfus	Kombinatorische Ähnlichkeitssuche in Fragmenträumen auf der Basis von zirkulären Fingerprints	12/2018	Master
Merve Yilmaz	Datenmanagement zur interaktiven Analyse von Medikamentenkombinationen	11/2018	Master
Tim Kuhrt	Erzeugung eindeutiger molekularer Muster am Beispiel der Sprache SMARTS	10/2018	Bachelor
Anna Lina Heinzke	Berechnung von nicht-zusammenhängenden maximalen gemeinsamen Teilgraphen unter Randbedingungen	09/2018	Bachelor
Philipp Bonfigt	Machine Learning Methods for the Prediction of Activity Differences of Topologically Similar Molecules (Matched Molecular Pairs)	06/2018	Master
Mustapha Mustapha	Webbasierte interaktive Visualisierung molekularer Interaktionen	06/2018	Bachelor
Fabian Sobanski	Infrastrukturen für die parallele Ausführung von Screening-Prozessen auf der Basis von RAISE	05/2018	Master
Eva Bültel	HELMSimilarity - Substrukturfilter und Algorithmen zur Ähnlichkeitssuche in HELM-Notationen	04/2018	Master
Christian Garske	RMSD calculation under consideration of atomic automorphisms	04/2018	Master
Jochen Sieg	Bewertung von Benchmark-Datensätzen für virtuelles Screening mit maschinellen Lernverfahren	12/2017	Master
Farina Ohm	Hierarchien chemischer Muster von Ringen für die wissensbasierte Konformationsgenerierung	11/2017	Master
Thorben Schulze	Generierung von Molekül-Strukturdiagrammen auf der Basis von Simulationsmethoden	05/2017	Bachelor
Linda Dühring	Strukturbasiertes Design von Makrozyklen auf Grundlage von Protein–Ligand Komplexen	05/2017	Master
Sascha Schulz	Berechnung von Graph-Ähnlichkeit auf der Basis maximaler, gemeinsamer Teilstrukturen	04/2017	Bachelor
Pascal Schmidt	Calculation and interactive visualization of variable interaction geometry distributions	04/2017	Master
Antonia Elvers	Räumliche Anfragen von Proteinstrukturmustern: Portierung von SQLite zu serverbasierten relationalen Datenbanken	01/2017	Bachelor
Uschi Dolfus	Stochastische Einbettung unter geometrischen Randbedingungen im Kontext der HTS-Datenanalyse	01/2017	Bachelor
Robert Schmidt	Efficient Incremental Search of Variable Molecular Patterns	12/2016	Master
Stefanie Kampen	Qualitative Validation of Protein-Ligand-Complexes for Structure-Based Molecular Design	11/2016	Master
Christian Meyenburg	Kopplung chemieinformatischer Bibliotheken am Beispiel von NAOMI und InChI	05/2016	Bachelor
Felix Braun	Active Clustering of Compound Collections	04/2016	Master
Christina de Bruyn Kops	Ligand-based Polypharmacology Prediction using Pharmacophore and Shape Properties	01/2016	Master
Farina Ohm	Berechnung von Teilmengen-Relationen chemischer Muster	11/2015	Bachelor
Rainer Fährrolfes	Webbasiertes Browsing molekularer Daten mit Anwendungen im strukturbasierten Design	10/2015	Master
Niek Andresen	Characterizing Molecular Ring Systems Using the URF Approach	10/2015	Bachelor
Thomas Watolla	Methoden zur computergestützten Vorhersage von ADME / T-Eigenschaften	07/2015	Master
Nils-Ole Friedrich	Analyse und Entwicklung von Strategien zur Konformations-Ensemble-Generierung	01/2015	Master
Patrick Faßbender	Interaktives Design von Reaktionsschemata auf der Basis von SMIRKS	12/2014	Master
Broder Fredrich	Analyse und Bewertung räumlicher Überlagerungen von Protein-Bindetaschen	11/2014	Master
Elisa Reinke	Analyse der Diversität von Molekülbiblio-theken auf der Basis von räumlichen Deskriptoren	11/2014	Master
Florian Flachsenberg	Methoden des aktiven Lernens für die Klassifikation biologisch aktiver Moleküle	10/2014	Master
Fabian Sobanski	Analysis and Development of Efficient Range Queries in the Context of Protein Structures	09/2014	Bachelor
Ulf Braun	Effiziente Suche nach Molekülen in relationalen Datenbanken auf der Basis des ECFP-Ähnlichkeitsmaßes	01/2014	Bachelor
David Seier	Interaktive und automatische Generierung chemischer Muster aus Molekülmengen	12/2013	Master
Robert Wiesner	Interaktive sterische Analyse von Protein-Ligand-Komplexen	12/2013	Master
Stefanie Witzke	Statistische Analyse von Wasserstoffbrücken-geometrien in Protein-Ligand-Komplexen	10/2013	Master
Jalda Erjaei	Entwicklung einer Bewertungsfunktion für den strukturellen Vergleich aktiver Zentren	07/2013	Bachelor
Lars Wetzer	Ein visueller Ansatz zur Erstellung von chemischen Strukturmustern	04/2012	Master
Andreas Heumaier	Entwicklung eines integrierten Datenmangement-Systems fuer verteilte Virtual-Screening Experimente	02/2012	Master
Mathias von Behren	Index-based comparison of active sites for computer-aided function prediction of proteins	01/2012	Master
Thomas Otto	A stereo- and regiosensitive molecular descriptor based on reduced graphs	02/2012	Master
Frank Wolf	Bewertung molekularer Ähnlichkeit auf der Basis räumlicher Molekülüberlagerungen	08/2011	Master
Andriy Mashychev	Eine computergestützte Methode zum Vergleich chemischer Muster am Beispiel von SMARTS	08/2011	Master
Martin Gent	Objektorientierte Implementierung von klassischen Kraftfeldern am Beispiel von MMFF94	05/2011	Master
Eva Vennmann	Klassifikation von Protein-Protein-Komplexen auf der Basis der Bewertungsfunktion HYDE	10/2010	Bachelor
Stefan Bietz	Modellierung von Tautomerie zur Optimierung von Wasserstoffbrücken-netzwerken in Protein-Ligand-Komplexen	03/2010	Master
Karen Schomburg	Visualization of molecular subgraph patterns using the example of SMARTS expressions	11/2009	Master
Birute Frercks	Effiziente Methoden zur Generierung zirkulärer Molekülstrukturdeskriptoren	06/2009	Diplom
Christin Schärfer	Sublinear ligand-based virtual screening using bitmap indices	07/2008	Diplom
Malte Mader	Strukturbasierte Charakterisierung aktiver Zentren für den Wirkstoffentwurf	06/2008	Diplom
Ole Kayser	Efficient Methods for the Generation of Bioactive Conformers of Small Molecules	06/2007	Diplom
Tobias Lippert	Placement of Hydrogen Atoms In Protein-Ligand Complexes	06/2007	Diplom
Alexander Posselt	Indizierungsmethoden zur Unterstützung von MCS-basierten Suchanfragen in Moleküldatenbanken	01/2007	Diplom
Christoph Müller	Algorithmen für den Vergleich aktiver Zentren homologer Proteine	10/2006	Diplom
Jan Dreher	Analyse virtueller Screening-Resultate mittels maschineller Lernverfahren	08/2006	Diplom
Mike Zimmermann	Computergestützte Bewertung molekularer Komplexität und synthetischer Zugänglichkeit	08/2006	Diplom
Birte Seebeck	Modellierung von Metall-Wechselwirkungsgeometrien für das Protein-Ligand Docking Problem	06/2006	Diplom
Florian Krull	Berechnung größter gemeinsamer Teilgraphen zur Visualisierung von Molekülmengen mit einheitlichem Grundgerüst	05/2006	Diplom
Karin Dietrich	Generierung eindeutiger linearer Molekülrepräsentationen unter Berücksichtigung von Stereoisomerie	03/2006	Diplom
Robert Fischer	Indexstrukturen für die Feature Tree-basierte Suche nach ähnlichen Molekülen	12/2005	Diplom
Katrin Stierand	Automatische Generierung von Strukturdiagrammen molekularer Komplexe	06/2005	Diplom
Andreas Scherzler	Effizientes Virtuelles Screening durch Wiederverwertung redundanter Fragmentplatzierungen	04/2005	Diplom
Axel Griewel	Optimierungsstrategien für das Docking flexibler Moleküle	09/2004	Diplom